El origen de Herce se vincula tradicionalmente con la ciudad romana de Ilurcis, citada en el año 180 a. C. La primera referencia documental conservada aparece en el voto de Fernán González, en el siglo X.
La villa se menciona en los privilegios que este conde concedió a San Millán de la Cogolla para que el monasterio recibiera anualmente un censo en las poblaciones y regiones de su condado. Más tarde aparece citada en una donación del siglo XII.
En la Edad Media fue primero villa de señorío y después de abadengo. El 9 u 11 de abril de 1173 Alfonso VIII la entregó en señorío a Diego Jiménez de los Cameros y a su mujer Guiomar Pérez de Traba por los servicios prestados a la corona.
Alfonso López de Haro y María Álvarez de los Cameros fundaron en 1246 el monasterio de las monjas Bernardas. Desde entonces Herce tuvo condición de abadengo y la abadesa nombraba al alcalde ordinario. El monasterio desapareció en 1837 con la desamortización de Mendizábal.